P.C.197年9月。
アニヒレィスにより発動された審判の刻は回避され、地球は平和な姿を取り戻しつつあった。
この日、オペレーション・レイジングブルーにより世界を救ったRGBシリーズと、
そのパイロット達は地球へ招かれ、記念式典での平和が約束されるはずであった。
時を同じくして、土星を拠点としP.C.暦移行に各分野で台頭してきた綾乃小路財団が、
私設軍隊”CYMK”を率いて独立軌道衛星・ブルースカイを占拠した。
”CYMK”はRGBシリーズを始めとするブルースカイに秘匿された技術の危険性を主張、
真っ向から対立する地球連邦側と平行線を辿ったまま、互いは総力戦へと突入した。
数の面で優位に立っていた地球連邦側であったが、ブルースカイを占拠した事により得た力を以って、
”CYMK”が優勢を保ってしまう。
RGBシリーズを始めとする高性能機体群の前に、地球連邦側は成す術もなかった。
絶望的な状況の下で、ついに第二次オペレーション・レイジングブルーが発動する。
最終目標は土星内部、Saturn's
Doomと呼ばれるプラント内の制圧及び、
指揮を執る綾乃小路 彩の沈黙。
空乃 蒼、夕暮 赤音、林野 碧らと、新たに作られたRGBシリーズとともに、
2度目の最終作戦が開始された。
第一目標地点はポイントゼロ。
全ての始まりの地。
果たして、”CYMK”の真の目的とは―。