フォトンセンチュリー１９７年３月。
ＲＧＢ理論の提唱者であり、現在の基盤を作り上げた、
ユアン＝アニヒレィスが２００年の眠りより覚め、
地球のネットワークをコントロールしているジオポイントを占拠、
全世界を支配した。
彼は凡そ一ヵ月後に全人類の抹殺―”審判の刻”を宣言。
ネットワークへの侵入は全てが妨げられ、
強行作戦を行う者たちは、ネットワーク管理下に置かれた無人兵器群により排除された。

審判の刻より残り２日。
唯一支配を逃れた、独立軌道衛星―ブルースカイより、
新世代型戦闘機群・ＲＧＢシリーズによる強行作戦、
”オペレーションレイジングブルー”が発動する。
空乃　蒼が操るブリッツ、
夕暮　赤音の操るローアイゼンツヴァイ、
林野　碧の操るゲミュートの３機は、
圧倒的な性能で無人兵器群を撃破していく。
しかし木星軌道上までたどり着いた彼女ら３人は、
そこで驚くものを目にする。

西暦時代を終焉に導いたレゾナンスが、彼と共に蘇っていたのだ。
ブラックホールを操るレゾナンスは、ジリジリとＲＧＢシリーズを追い詰めていった。
しかし間一髪のところで水沢　透の操るアルスターが現れる。
透はかつてアニヒレィスの愛した純の精神体を宿し、
アニヒレィスへ呼びかけたが、アニヒレィスはそれを拒み、最後の戦闘が始まった。

辛うじてレゾナンスを撃破したレイジングブルー。
そしてアニヒレィスはこの世を去った。
審判の刻が回避され、この世界には再び平穏な日々が訪れる。

…はずだった。

フォトンセンチュリー１９７年８月。
オペレーション・レイジングブルーにより審判の刻が回避され、凡そ半年の月日が経った。
蒼、赤音、碧と透らを刻の英雄として、作戦名より”レイジングブルー”と呼称した。
この日、復興しつつあった地球ではレイジングブルーが招聘され、
新型のＲＧＢシリーズと共に終戦記念式典が執り行われるはずであった。

終戦記念式典と同時刻。
地球での終戦記念式典で新型ＲＧＢシリーズの披露と時を同じくして、
独立衛星・ブルースカイが占拠された。
土星を拠点にフォトンセンチュリー以降、各分野で目覚しい成長を遂げ台頭してきた、
綾乃小路財団の私設軍隊”ＣＹＭＫ”だった。
衛星を通じ、ブルースカイに秘匿されている技術の危険性を主張し、
真っ向から対立する地球連合側と、各地で総力戦が展開された。

次々に地球各都市を攻撃し始めるＣＹＭＫに対し、
当初は優勢であった地球連合側であったが、綾乃小路財団の土星に存在するプラント、
SATURN's DOOMより送り出される機体の数々により、劣勢にたたされる。
それもそのはずであった。
なぜならば相手は前大戦での英雄機であるＲＧＢシリーズと、ＲＧＢ技術を転用した兵器だったのだ。
ブルースカイを占拠されたことによる影響は多大なものであった。

次々と占拠されていく重要拠点を前に、ついに地球連合側は前大戦での英雄として、
空乃　蒼、夕暮　赤音、林野　碧ら３人を出撃させることとなった。
反乱組織の中枢はSATURN's DOOM中枢に存在すると思われるマザーＡＩ、ＡＹＡ２であり、
作戦目標はこれの破壊、もしくは停止。

第一の攻撃目標はポイントゼロ。全ての始まりの地。
”レイジングブルー”が、再び始まる―。